沟通中国南北的“黄金水道”－京杭大运河，穿余杭境内而过，点缀了余杭悠久灿烂的历史与文化。余杭，作为杭州城区的北面门户，具有运河、钱塘江水系的河网优势，北通国际航运中心上海港，南可接宁波港。在长三角区域有着重要地位。

水运模式（内支线）运输成本低、运输量大，企业采用内支线运输20英尺和40英尺集装箱，可节省50美元及70美元。

余杭境内有多个港口码头作业区：包括杭州港大松树集装箱作业区是国内首个在内河以专业国际集装箱码头进行设计和建设的；杭州港余杭港区临平作业区；杭州最大的内河港口作业区—崇贤港。这些为余杭的企业提供了便捷的水运条件，降低了物流成本。